此信仰的出现，与第五世达赖有很大的关系。17世纪，第五世达赖亲近宁玛派，公开向宁玛派学法，造成他与以藏族为主的格鲁派守旧人士之间产生了紧张关系，人心思变，当时反对达赖最力的格鲁派仁波切札巴坚赞被达赖的僧兵（英语：Dob-dob）拘捕之后，离奇地在拉萨的狱中被哈达绞死、并将哈达塞入口中，伪装成自杀。其死状凄惨，也因枉死而受到乡民与僧侣的香火敬奉，被尊称为多杰雄登，汉译“雄天护法”，据说其法力高强，预言神准，神迹频传，信仰于是诞生。也有人说此信仰即是西藏地区苯教中，原有对于精灵、鬼神的崇拜，苯教农民被迫皈依藏传佛教之后，将苯教勇猛武神的形象，投射到这位挑战达赖权威且含恨枉死的上师身上，并大力崇拜。因为相信多杰雄登可以预言未来，又有极大的能力可以抵御外敌，历史上和近代都有很多有修为的活佛供奉多杰雄登，修行多杰雄登法[1]。
历史上，反对多杰雄登信仰的活佛也不在少数，第五世达赖喇嘛·罗桑嘉措曾宣告：“‘多杰雄登’是一个依邪愿而投生的魔。”格鲁派修行者曲穷·昂旺·蒋巴（广论大修行者），屈穷·阿旺·鸠丹（第七世达赖喇嘛·格桑嘉措的老师），以僧·丘编（第八世达赖喇嘛·强白嘉措的亲教师）也认为多杰雄登是魔、是邪法。清代章嘉活佛反对崇拜多杰雄登。
早期多杰雄登的信众反对格鲁派之外的任何藏密派别，但是对萨迦派相对友善，萨迦派也允许供奉多杰雄登，因为传说多杰雄登死后嗔恨心爆发，变成法力高强的大力鬼神，愤怒无比，在空中哭泣嚎叫，并降下冰雹跟暴风雨。萨迦派的萨迦法王路过，拿了一个心脏形状的朵玛，供养给他，因此多杰雄登的造像，左手都会拿着“心脏”。在19世纪后，因为萨迦派的许多上师也同样反对多杰雄登，萨迦派停止供奉多杰雄登。
在19世纪后，因为欧洲列强势力进入西藏，引发了西藏的民族主义。宁玛派主导的利美运动兴起之后，传统格鲁派守旧人士，担心格鲁派的地位会因此式微，这两个因素的结合，让多杰雄登信仰重新盛行于西藏，引起许多社会问题。
20世纪初，十三世达赖曾正式发布禁令，禁止多杰雄登信仰。但是这并没有影响到多杰雄登信仰的兴盛，著名的格鲁派僧侣帕绷喀仁波切就是多杰雄登的信仰者，他的弟子赤绛仁波切与林仁波切后来成为十四世达赖的老师，因此十四世达赖在青年时也曾信奉多杰雄登。
十四世达赖经过询问乃琼护法的神谕，在1996年5月宣布禁令，禁止格鲁派信众继续信奉多杰雄登，多杰雄登的信徒不得参加格鲁派的法会以及接受灌顶[2]。
据中国官媒《中国民族报》报导，1996年6月6日，根据达赖的要求，西藏流亡政府议会作出决议，凡在流亡政府各部门、社会团体以及各藏人居住区、寺院、学校的工作人员，严禁供奉多杰雄登。流亡政府、达赖私人秘书处发出通知，要求所有寺院的僧人一律要签署保证书，停止供奉多杰雄登，并称“继续供奉的人将成为藏人社会的公敌”。[3]